Если номер был получен с указанием налогового представителя, то статус должен был бы быть как раз "не резидент". Но ошибки бывают везде. Кроме того, если после получения этого номера прожили больше 183 дней в Португалии, то статус могли поменять (хотя обычно для этого нужно лично идти в налоговую-finanças).
Рекомендую обратиться в налоговую службу Португалии (Finanças), в любое отделение и выяснить текущий статус, при необходимости поменять его.