Посмотрите ещё вот этот документ - http://www.acidi.gov.pt/_cf/3641 - там ответы на многие ваши вопросы.
Подавать документы на визу D нужно только в Консульстве (если Вы смотрели сайт Визового центра, то там явно про это написано). Записываться в Консульство для подачи на визу D не нужно, принимают в порядке живой очереди в рабочие часы. Но заполнить анкету на сайте всё равно нужно (чтобы не появлялась опция про выбор даты записи выбирайте вариант консульского учреждения со словами "для турагентств").